Tamino, jove príncep, caurà a les mans de la malvada Reina de la Nit, que li entabanarà per a anar a la recerca de la seva filla Pamina ajudat del jove caçador d’ocells real, Papageno. Per a la croada, la Reina de la Nit regalarà a Tamino un objecte màgic d’incalculable valor: La Flauta Màgica. Pamina es troba retinguda en els dominis del seu pare, el Rei Sarastro, i és assetjada pel servent d’aquest. Tamino s’enamorarà de la princesa i li demanarà al Rei Sarastro la seva mà, que aquest li atorgarà sempre que superi tres proves. Amb l’ajuda de Papageno, Pamina, la seva tenacitat i el seu valor, Tamino superarà les proves obtenint així la gràcia del monarca, que, traient-li del seu error, li farà comprendre que la Reina de la Nit és malvada, i que l’objectiu de retenir a Pamina en el seu palau no era sinó per a cuidar-la d’ella. Papageno obtindrà per la seva ajuda una sort gairebé divina, trobar una Papagena amb la qual poder compartir la seva vida. Per part seva, Sarastro aconsegueix derrotar d’una vegada a la malvada Reina de la Nit, perquè el bé sempre venç sobre el mal i la llum sobre la foscor.
