Gener de 2118. La inspectora en cap del Departament d’Investigació Criminal, Akane Tsunemori, rep un informe sobre un incident en un navili estranger: s’ha trobat el cadàver de la professora Milicia Stronskaya. Després de l’incident es troba un grup conegut com els Peacebreakers, una organització paramilitar estrangera i una nova amenaça exterior que tenen com a objectiu els informes de la investigació de la professora, coneguts com “els Papers de Stronskaya”. En reunir-se amb Shinya Kogami, un antic fugitiu del Departament d’Investigació Criminal, Akane s’enfronta a un cas que no triga a superar les seves expectatives. Els Papers de Stronskaya podrien revelar una veritat que faria també al govern japonès, i fins i tot al Sistema Sibyl, fins als seus fonaments. En aquesta història mai contada es revela l’esglaó perdut.