L’eriçó blau favorit de tot el món ha tornat per a passar al següent nivell i córrer una nova aventura. Després d’establir-se en Green Hills, Sonic es mor per demostrar que té fusta d’autèntic heroi. La prova de foc arriba amb el retorn del malvat Robotnik, en aquesta ocasió amb un nou companyó, Knuckles, a la recerca d’una maragda que té el poder de destruir civilitzacions.
Sonic formarà equip amb el seu propi company de fatigues, Tails, i junts es llançaran a una aventura que els portarà per tot el món a la recerca de la preuada pedra per a evitar que caigui en mans equivocades.